I de sidste 10 år har Novafos via overløb fra kloakker og renseanlæg hvert år udledt 293 millioner liter urenset kloakvand til Sjælsø. Da Sjælsø Renseanlæg årligt modtager 1.312 millioner liter kloakvand til rensning, svarer det til et overløb på 20 procent.